Sultan I. Alâeddin Keykubâd’ın karısı Mahperi Hunad Hatun tarafından 1238 yılında yaptırılan külliyenin medrese kısmıdır. Muhteşem taş işçiliğine sahip olan bu medrese iki eyvanlı medreseler grubuna girmektedir. Duvarlar tıpkı camide olduğu gibi destek kulelerine sahiptir. Bu nedenle medresede bir kaleyi andırır. Giriş kısmı batıda ve oldukça süslü olan medresede 16 tane hücre bulunmaktadır.
İlk müderrisleri arasında Mevlana Celaleddin Rumî’nin hocası olan Seyyid Burhaneddin’in de bulunduğu medresede, çok sayıda âlim yetişmiştir. Hunad Medresesi 1929 yılında müze olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bir dönem Arkeoloji Müzesi olarak kullanılan bu medrese 1969 yılında Etnografya Müzesi haline getirilmiştir. Günümüzde ise esnaflara ayrılmış bir iş yeridir.