Haliç yönünden şehrin kıyı silüetinde önemli bir yere sahip olan külliye, devrin sadrazamı ve Kanûnî Sultan Süleyman’ın damadı Rüstem Paşa (ö. 968/1561) tarafından ikinci sadâreti döneminde 1555-1561 yılları arasında Mimar Sinan’a yaptırılmıştır.
Külliye fevkanî olarak ele alınan cami, altta yer alan tonozlu depolarla dükkânlar, çeşme ve iki handan meydana gelmektedir. Yapıldığı dönemde de yoğun bir ticaret bölgesi içinde yer alan caminin daha önce burada bulunan Hacı Halil Ağa Mescidi’nin yerinde çevredeki birçok binanın istimlâk edilmesiyle inşa edildiği bilinmektedir.
Caminin kuzeyinde yer alan yüksek avluya platformun dört tarafına yerleştirilmiş kapalı merdivenlerle çıkılır. Merdivenlerden ikisi camiyi üç taraftan çevreleyen avlunun kuzey köşelerinde, diğer ikisi caminin yanlarındadır. Avlunun ön bölümüne bağlanan köşe merdivenlerinin üstünde görevliler için ayrılmış odalar bulunur. Caminin doğu ve batı kapılarının yanında bulunan yan merdivenler bir kat daha yükselerek üst kattaki mahfillere çıkma imkânı sağlar. Avlunun büyük bir kısmını örten ahşap çatı, mukarnas başlıklı altı adet sütunun taşıdığı beş kubbeli son cemaat yerini üç yönden çevrelemektedir. Caminin kesme taştan çokgen gövdeli, tek şerefeli ve kurşun külâhlı minaresi kuzeybatı köşesinde yer almakta ve buraya batı yönünden bir kapı ile ulaşılmaktadır. Şadırvan, sokak kotunda Uzunçarşı caddesi üzerinde duvarlarla çevrilmiş kare bir avlunun içinde yer alır. Sekizgen planlı, üstü çatı ile örtülü süslemesiz bir yapıdır. Hazîresi, caminin Hasırcılar caddesi cephesinde sonradan yapılan dükkânların yanında bulunmaktadır.