Eminönü’nde liman ve ticaret bölgelerinin önünde yer almakta ve cami, hünkâr kasrı, arasta (Mısır Çarşısı), türbe, dârülkurrâ, sebil, çeşme ile sıbyan mektebinden oluşmaktadır. Daha sonra külliyeye kütüphane, muvakkithâne ve bir türbe ile çeşmeler ilâve edilmiştir.
Külliyenin ilk inşası esnasında medrese, imaret ve ribâtlardan bahsedilirse de bunlar yapılmamış, sıbyan mektebi ile cami avlu duvarı ise günümüze ulaşmamıştır. 3 Ramazan 1006 (9 Nisan 1598) tarihinde inşasına Mimar Dâvud Ağa tarafından başlanılmış olan külliyenin bânisi III. Mehmed’in annesi Safiye Sultan’dır. Külliyenin ilk yapısı olan camide uçları kurşun kuşaklarla bağlanan kazıklar çakılarak zemin sağlamlaştırılmış ve taş bloklarla temel atılmıştır. Cami inşası için Rodos’tan taş getirten Dâvud Ağa yapıyı yerden 75 cm. (1 zirâ) kadar yükseltmişken kendisi Safer 1007’de (Eylül 1598) vefat edince yerine Suyolu Nâzırı Mimar Dalgıç Ahmed Ağa tayin edilmiştir. Dalgıç Ahmed Ağa yapıyı birinci sıra pencere üstüne kadar yükseltmiş, bu sırada III. Mehmed’in vefatı üzerine (1012/1603) Safiye Sultan’ın Eski Saray’a gönderilmesiyle inşaat yarım kalmıştır. 1070’te (1660) meydana gelen büyük İstanbul yangını sonrasında Hatice Turhan Vâlide Sultan harabeye dönen alanları gezmiş, ardından yarım kalan caminin inşa edilerek tamamlanmasına karar verilmiştir. 1071’de (1661) Mimarbaşı Meremetçi Mustafa Ağa’nın sorumluluğunda yarım kalan cami duvarlarından bir sıra taş sökülerek inşaata yeniden başlanmış, nihayet tamamlanarak 20 Rebîülâhir 1076 (30 Ekim 1665) tarihinde kılınan cuma namazı ile ibadete açılmıştır. Caminin vakfiyesiyle cümle kapısı ve çeşmenin üzerinde yer alan kitâbelerde 1074 (1663-64) tarihi bulunmaktadır.
Muvakkithâne.
Caminin güneyinde avlu duvarının köşesinde yer alır; üzerindeki kitâbeye göre 1228’de (1813) inşa edilmiştir. Kesme taş malzeme ile ele alınan yapı geniş saçaklı basık soğan kubbe ile örtülü olup üç bölümlüdür. Basık kemerli kapı ile geçilen giriş holü ana mekâna bağlanmaktadır. Ana mekândan doğu yönündeki küçük mekâna geçiş sağlanmıştır. Cephe ortasında üstte oval form içinde II. Mahmud’un tuğrası, altta Şair Vâsıf’ın iki sıra halinde on satırlık ta‘lik hattıyla kitâbesi bulunmaktadır.