Muradiye İmareti’nin inşa kitabesi yoktur. III. Murad tarafından inşa ettirilen yapı; cami, medrese, dükkânlar ve iki çeşmeden oluşan Muradiye Külliyesi’nin bir parçasıdır. Külliyenin camisi H.991/M.1583-H.994/M.1586 yılları arasında inşa edilmiş, imaret ve diğer yapıların tamamlanması ise H.1001/M.1592-1593 yılını bulmuştur. Külliyenin tasarımını Mimar Sinan yapmış; fakat inşa faaliyetlerini Mimar Mahmud Ağa ve onun ölümünden sonra da Mimar Mehmed Ağa yürütmüştür.
III. Murad, tahta çıkan on ikinci Osmanlı padişahıdır. 1546 yılında, babası II. Selim’in sancakbeyi olarak bulunduğu Manisa’da doğmuştur. İlk eğitimini de Manisa Sarayı’nda almış, Aydın ve Akşehir sancakbeyliği görevlerinde bulunmuştur. 1562 yılında Saruhan sancakbeyi olarak yeniden Manisa’ya dönen III. Murad, on iki yıl boyunca bu görevi sürdürmüş ve babasının vefat etmesi üzerine 1574 yılında tahta çıkmıştır. Yirmi yılı biraz aşan saltanatından sonra 1595 yılında vefat eden sultan, Ayasofya Camisi haziresine defnedilmiş ve mezarının üzerine bugünkü türbesi inşa edilmiştir.
Kuzey-güney doğrultusunda dikdörtgen planlı bir yapı olan imaret, revaklı bir avlu etrafında sıralanan mutfak, yemekhane, fırın, kiler ve depo gibi işlevlere sahip mekânlardan oluşmaktadır. Mekân ve revakların üzeri kubbelerle örtülüdür. İmaretin, biri batı cephesinde, diğeri güney cephesinin batı ucunda olmak üzere iki girişi vardır. Kuzey cephesinde ise külliyenin dükkânları yer almaktadır. Yapının beden duvarları taş ve tuğla ile almaşık düzende inşa edilmiştir.